平氏와의 싸움에서 승리를 거둔 미나모토 요리토모(源賴朝)는, 1192년 조정으로부터 정이대장군에 임명되고, 카마쿠라에 막부를 설치하여 무사정권을 수립했다. 카마쿠라 막부는 이후 약 140년간 지속되는데, 이 기간을 카마쿠라 시대라고 한다. 이 때부터 일본에서는 명치유신이 일어날 때까지 700여년간 무사들에 의한 군사독재정치가 지속된다.

카마쿠라막부의 성립은 종래의 귀족정권에 대해 무사가 독자적 정권을 가지게 됨을 의미하며, 이는 장군과 그 부하(고케닌=御家人이라고 함)가 토지를 매개로 맺은 주종관계를 그 기초로 하고 있으며, 막부는 그중 유력한 자를 슈우고(守護)·지토오(地頭)로 임명하여 전국적 지배를 실시했다. 하지만, 정권의 구조 자체에는 고대적 성격이 남아 있었고, 쿄오토에는 천황과 귀족들의 정부가 엄연히 존재하고 있었기 때문에, 카마쿠라 막부는 봉건제도 형성의 한 단계로 보는 것이 온당하다. 즉, 카마쿠라 시대는 公·武 2중정권의 시대였던 것이다.

요리토모가 죽자, 그의 처인 마사코(政子)의 친정인 호오죠(北條)씨가 실권을 장악하게 되고, 싯켄(執權) 정치를 하게 된다.

13세기 후반, 두 차례에 걸친 여·원 연합군의 일본원정(1274, 1281)은 정치, 경제, 사회의 전반에 걸쳐 엄청난 영향을 주었다. 두 번 모두 태풍의 덕택으로 여·원 연합군을 물리치긴 했지만, 약소 고케닌들의 재정적 부담이 가중되어 불만이 누적, 막부의 세력을 따르지 않게 되고 막부의 세력은 현격히 약화되었다. 이 틈을 노려 고다이고 천황은, 카마쿠라 막부를 멸망시킨다.

이 시대 정치의 2중성은 문화면에서도 나타나고 있다. 여전히 전통적 귀족문화가 주류를 차지하고 있었지만, 신흥 무사계급이 갖는 실질적이고 강건한 기풍의 영향을 받은 작품들이 생겨나고, 또 무사계급은 고전문화를 받아들여 무가의 독자적인 문화도 창출해 냈다. 그 경우, 문화의 창조에 민중이 적극적인 역할을 수행하게 되었다는 점과 송나라 문화의 영향이 강했다는 점도 주목할 필요가 있다.

이 시대는 전란이 계속되는 불안한 세태였기 때문에, 무사나 백성들은 종교에 귀의하는 경향이 강했고, 그리하여 새로운 불교가 계속해서 생겨났다. 그것은 헤이안 시대의 불교가 엄격한 계율이나 학물을 중요시 한 것과는 달리, 알기 쉽고 실천을 중시하는 것이었다. 신란은 나무아미타불을 외우기만 하면 누구라도 구원받을 수 있다고 하는 정토진종을 열고, 니찌렌은 남묘호오렝게쿄오를 외우면 모든 사람은 구원받는다는 일련종을 개창했다. 또한 중국에서 들어온 선종은 무사들 사이에 널리 유행했다. 좌선을 통해 정신을 단련시키는 선종의 엄격함이 무사들의 심정과 일치하는 점이 있었기 때문이리라.

교의나 경전을 갖지 못하고 있던 일본 고유의 신도도 이 무렵, 이세신궁의 신관이 불교 등의 교의를 참고로 해서 신도의 이론적인 기초를 정립할려고 했다.